Nhiệt độ của nước bề mặt được duy trì tương đối ổn định ở mức 21-25°C và tầm nhìn cũng như nhiệt độ được duy trì rất tốt cho đến độ sâu khoảng 200 m, nhưng biển này còn được biết đến như là có những trận gió mạnh và các dòng chảy khu vực hay thay đổi. Biển này được hình thành cách đây khoảng 30 triệu năm trước do sự tách ra của châu Phi khỏi bán đảo Ả Rập. Biển này hiện nay vẫn đang mở rộng ra và ở đây có các núi lửa ngầm nhỏ ở các phần sâu nhất, người ta còn cho rằng biển này đến một lúc nào đó sẽ trở thành đại dương (như mô hình của Tuzo Wilson giả lập).

Theo các nhà địa chất thì đôi khi trong thời gian của phân đại Đệ Tam eo biển Bab el Mandeb đã từng bị đóng kín và Hồng Hải khi đó đã là một đầm lầy nước mặn khô và nóng.